Mir Emad kemudian diduga sebagai Sunni, suatu cabang aliran dalam Islam dimana Sunni tidaklah begitu bertoleransi dengan Safavid, dan akhirnya, implikasi ini telah membawa kepada hak mutlak dan hukuman mati oleh Shah Abbas kepada Mir Emad. Pada suatu malam, ketika Mir Emad dalam perjalanan ke Hamam, Mir Emad telah dibunuh oleh Masud Beik Mesgar Qazvini, dan untuk beberapa hari tidak ada satu orang pun berani untuk mengubur mayatnya. Akhirnya anak murid Mir Emad iaitu Abu Torab Khatat Esfahani, telah mengebumikannya dalam Masjid Maqsud Beik. Dia tidak diizinkan untuk membangun sebuah makam yang besar dan indah untuk Mir Emad.